La matière organique est le facteur clé de la qualité et de la fertilité des sols. Elle est liée à la qualité chimique, physique et biologique du sol. Selon la qualité chimique du sol, les nutriments peuvent être fixés et libérés par la matière organique du sol.
La matière organique a une faible densité. Cela lui confère une grande importance pour la structure du sol (qualité physique du sol) : elle donne au sol une structure plus légère dans laquelle les racines peuvent se développer plus facilement et le sol est moins sensible au tassement. La matière organique confère également au sol des propriétés spongieuses. Cela signifie qu'il y a une meilleure infiltration de l'eau par un sol à forte teneur en matière organique, ce qui entraîne moins de flaques d'eau sur le terrain et moins de ruissellement. De cette façon, la matière organique réduit la pollution de l'eau. Mais l'eau est également mieux stockée, ce qui la rend plus longtemps disponible pour la culture en période de sécheresse. Dernier élément de la qualité physique du sol, la matière organique permet une meilleure formation des granules, qui sont moins sensibles à l'érosion, tant éolienne qu'hydrique, et à l'imperméabilisation du sol.
Enfin, la matière organique joue un rôle clé dans le réseau alimentaire du sol. D'une part, les grands animaux, comme les vers, jouent un rôle important dans la formation de la matière organique, et d'autre part, la matière organique elle-même sert de nourriture à la vie microbienne du sol. Un bon équilibre dans la vie du sol rend celui-ci plus fertile et moins sensible aux parasites et aux maladies. En outre, les prédateurs vivant dans le sol sont stimulés. L'apport de matières organiques peut donc être bénéfique dans la lutte naturelle contre les parasites.
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